ในปีการศึกษา 2541 หลักสูตรปริญญาเอกของคณะวิทยาศาสตร์ ได้รับการคัดเลือกจากทบวงมหาวิทยาลัย ให้จัดทำเป็นหลักสูตรปริญญาเอกร่วมกับสถาบันต่างประเทศ 2 หลักสูตร ได้แก่ หลักสูตรปริญญาเอกสาขาวิชาฟิสิกส์ และหลักสูตรปริญญาเอกสาขาวิชาเคมี กิจกรรมที่เกิดขึ้นจากโครงการดังกล่าวมีดังนี้

6-14 กันยายน 2541 ผศ.ดร.เรืองศรี วัฒเนสก์ ได้เดินทางไปเจรจาความร่วมมือในโครงการหลักสูตรปริญญาเอกเคมีร่วมสถาบันกับ Water Studies Centre ของมหาวิทยาลัย Monash ประเทศออสเตรเลีย

20-25 กันยายน 2541 ผศ.ดร.นิยม บุญถนอม, รศ.ดร.ถิรพัฒน์ วิลัยทอง, รศ.ดร.นรินทร์ สิริกุลรัตน์, ผศ.ดร.สำราญ ลาชโรจน์ และ รศ.ดร.ผ่องศรี มังกรทอง ได้เดินทางไปเจรจาความร่วมมือในโครงการหลักสูตรปริญญาเอกฟิสิกส์ร่วมสถาบันกับมหาวิทยาลัย Uppsala ประเทศสวีเดน