โครงการศูนย์วิจัยน้ำ ได้มีความร่วมมือทางวิชาการกับ Birkbeck College, มหาวิทยาลัย London ประเทศอังกฤษ โดยได้รับการสนับสนุนจาก The British Council ตั้งแต่ปี 2530 เป็นต้นมา ได้มีการแลกเปลี่ยนนักวิจัยของทั้งสองสถาบัน มีการจัดประชุมเชิงปฏิบัติการและการประชุมวิชาการนานาชาติซึ่งทางมหาวิทยาลัย London ได้จัดส่งผู้เชี่ยวชาญมาร่วมเป็นวิทยากรบรรยายด้วยทุกครั้ง นอกจากจะมีความร่วมมือกับสถาบันต่างประเทศแล้วโครงการศูนย์วิจัยน้ำยังมีความร่วมมือกับหน่วยงานในประเทศคือกรมป่าไม้และสำนักงานนโยบายและแผนสิ่งแวดล้อมในการทำวิจัยร่วมกัน นอกจากนี้กรมส่งเสริมคุณภาพสิ่งแวดล้อมโดยศูนย์วิจัยและฝึกอบรมด้านสิ่งแวดล้อมได้สนับสนุนให้นักวิจัยในโครงการศูนย์วิจัยน้ำเดินทางไปร่วมประชุมและฝึกอบรมทางด้านสิ่งแวดล้อมที่ประเทศญี่ปุ่นด้วย ในปี 2542 โครงการศูนย์วิจัยน้ำมีกิจกรรมดังนี้

2 - 6 กุมภาพันธ์ 2542 ได้จัดการประชุมวิชาการนานาชาติ ครั้งที่ 1 ในหัวข้อ "การจัดการทรัพยากรน้ำในแอ่งระหว่างภูเขา ( Water Resources Management in Intermontane Basins )" ที่โรงแรมเชียงใหม่ภูคำ จ.เชียงใหม่ มีผู้เข้าร่วมประชุมจากหน่วยงานต่างๆทั้งในและต่างประเทศ จำนวน 125 คน มีวิทยากรรับเชิญจากประเทศอังกฤษ จำนวน 7 ท่าน คือ Prof. Colin Flint , Dr. Simon Chenery , Dr. Tony Bailey - Watts , Dr. Spiros Pergantis , Prof. Kenneth Ives และ Dr. Clive Pinder ร่วมบรรยายในการประชุมครั้งนี้ โดยได้รับการสนับสนุนจาก The British Council

14 เมษายน - 19 พฤษภาคม 2542 อาจารย์ชำนิ แสงภักดี อาจารย์ภาควิชาเคมี เดินทางไปดูงานและทำวิจัยที่ Birkbeck College มหาวิทยาลัย London ประเทศอังกฤษ

14 เมษายน - 30 พฤษภาคม 2542 อาจารย์วีระศักดิ์ รุ่งเรืองวงศ์ จากภาควิชาชีววิทยา เดินทางไปดูงานและทำวิจัยที่มหาวิทยาลัย London และมหาวิทยาลัย Birmingham ประเทศอังกฤษ

นอกจากนี้ โครงการศูนย์วิจัยน้ำได้จัดทำโครงการความร่วมมือทางวิชาการภายใต้การสนับสนุนของ The British Council ร่วมกับ Birkbeck College มหาวิทยาลัย London Institute of Freshwater Ecology และ British Geological Survey ภายใต้หัวข้อ The Provision of Safe Drinking Water by Water Resources Management and Pollution Control ซึ่งเป็นโครงการที่ 2 ระยะที่2 ซึ่งจะเริ่มดำเนินการตั้งแต่เดือนเมษายน 2543 - มีนาคม 2546