ในปีงบประมาณ 2543 คณะวิทยาศาสตร์ได้รับจัดสรรงบประมาณรายจ่ายเพื่อดำเนินการจัดการศึกษาและสนับสนุนการเรียนการสอนจากแหล่งงบประมาณ ดังต่อไปนี้

1.1 งบประมาณรายจ่ายจากงบประมาณแผนดิน

1.1.1 งบประมาณประจำปี จำนวน 244.1 ล้านบาท

1.1.2 งบประมาณสนับสนุนโครงการเร่งรัดการผลิตบัณฑิตสาขาขาดแคลน จำนวน 29.80 ล้านบาท

1.2 งบประมาณรายจ่ายจากเงินรายได้มหาวิทยาลัย จำนวน 17.55 ล้านบาท

งบประมาณที่ได้รับจัดสรรจำแนกเป็นแผนงานดังต่อไปนี้