ทบวงมหาวิทยาลัยได้จัดทำโครงการพัฒนาบัณฑิตศึกษาเพื่อพัฒนาอุดมศึกษาไทย (Postgraduate Education Development for the Development of Higher Education in Thailand-PED) โดยนำโครงการหลักสูตรดุษฎีบัณฑิตร่วมกับมหาวิทยาลัยในต่างประเทศ ที่ได้ดำเนินการมาแล้วในช่วงปี 2542 -2544 เข้ามาร่วมในโครงการนี้ เรียกว่าเป็นโครงการระยะที่ 1 โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อพัฒนาสมรรถนะในการจัดการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษาและการวิจัยในสถาบันการศึกษา ให้สามารถจัดการศึกษาได้ถึงระดับปริญญาเอกที่มีมาตรฐาน ทางวิชาการเทียบเท่ากับมหาวิทยาลัยชั้นนำในต่างประเทศ และ ให้สามารถผลิตและพัฒนาอาจารย์/นักวิจัยที่มีคุณภาพสูง สอดคล้องกับความต้องการของประเทศ ทดแทนการไปศึกษาต่อในต่างประเทศ รวมทั้งมุ่งสนับสนุนการจัดเตรียมโครงสร้างพื้นฐานเพื่อการวิจัยทั้งการวิจัยประยุกต์และการวิจัยบริสุทธิ์ ที่นำไปสู่การพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมของประเทศและเสริมสร้างศักยภาพการแข่งขันระดับนานาชาติ
คณะวิทยาศาสตร์ ได้รับอนุมัติจากทบวงมหาวิทยาลัย ให้เข้าอยู่ในโครงการพัฒนาบัณฑิตศึกษาเพื่อพัฒนาอุดมศึกษาไทย ในโครงการระยะที่ 1 จำนวน 5 หลักสูตร ได้แก่

1) หลักสูตรวิทยาศาสตรดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาเคมี แขนงวิชาเคมีวิเคราะห์ ร่วมกับ
University of Washington, Seattle/ สหรัฐอเมริกา ;
Monash University/ ออสเตรเลีย
Karlsruhe Research Centre/ สหพันธ์สาธารณรัฐเยอรมัน ;
Birkbeck College/ อังกฤษ
Liverpool John Moores University/ อังกฤษ ;
University of Hull/ อังกฤษ

2) หลักสูตรวิทยาศาสตรดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาเคมี แขนงวิชาเคมีฟิสิกัล ร่วมกับ
University of Leeds/ อังกฤษ ;
Monash University/ ออสเตรเลีย
Freiberg University of Mining and Technology, สหพันธ์สาธารณรัฐเยอรมัน

3) หลักสูตรวิทยาศาสตรดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาฟิสิกส์ ร่วมกับ
Uppsala University/ สวีเดน ;
Royal Institute of Technology(Stockholm)/ สวีเดน
Lund University/ สวีเดน ;
University of Leeds/ อังกฤษ
Chalmer University of Technology/ สวีเดน

4) หลักสูตรวิทยาศาสตรดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาวัสดุศาสตร์ ร่วมกับ
School of Materials, University of Leeds/ อังกฤษ

5) หลักสูตรวิทยาศาสตรดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาธรณีวิทยา ร่วมกับ
The University of Birmingham/ อังกฤษ

ในปีงบประมาณรายจ่าย ประจำปี พ.ศ.2546 คณะวิทยาศาสตร์ ได้รับงบประมาณสนับสนุนจากสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา จำนวน 6,901,000 บาท ดังนี้

ปัจจุบัน มีนักศึกษากำลังศึกษาในหลักสูตรดุษฎีบัณฑิตโครงการพัฒนาบัณฑิตศึกษาเพื่อพัฒนาอุดมศึกษาไทย ในโครงการระยะที่ 1 ทั้ง 5 หลักสูตร (หลักสูตรนานาชาติ) รวม 30 คน (รายละเอียดดูได้ที่ ภาคผนวก 12 )