คณะวิทยาศาสตร์ได้กำหนดทิศทางการวิจัยให้สอดคล้องกับยุทธศาสตร์การวิจัยของมหาวิทยาลัย และมุ่งเน้นการวิจัยเชิงบูรณาการเพื่อการพัฒนาตามนโยบายและยุทธศาสตร์การพัฒนาท้องถิ่นภาคเหนือและประเทศโดยคณะวิทยาศาสตร์ได้ส่งเสริมและสนับสนุนการทำวิจัยของคณาจารย์และนักวิชาการในระดับต่างๆ ทั้งด้านพื้นฐาน ประยุกต์ พัฒนาและบูรณาการ ทั้งในระดับชาติและระดับนานาชาติ รวมทั้งสรรหาทรัพยากรที่จะทำให้เกิดการวิจัยในระดับสูง เพื่อพัฒนาองค์ความรู้ทางวิชาการและพัฒนาการทุกด้าน เพื่อให้บรรลุวัตถุประสงค์ดังกล่าวข้างต้น จึงได้กำหนดพันธกิจสร้างระบบส่งเสริมการวิจัยอย่างครบวงจร
ในปี 2549 คณะวิทยาศาสตร์ได้สนับสนุนให้มีการจัดตั้งห้องปฏิบัติการวิจัยและหน่วยวิจัย เพื่อการรวมกลุ่มการดำเนินงานวิจัยที่มีความสนใจในปัญหาและทิศทางงานวิจัยเดียวกันในแขนงวิชานั้น ๆ มีห้องปฏิบัติการวิจัยและหน่วยวิจัยที่ได้รับการสนับสนุน จำนวน 27 ห้อง และ 22 หน่วยวิจัย และอีก 1 กลุ่มวิจัยสถาบัน และคณะวิทยาศาสตร์ยังได้สนับสนุนให้มีการจัดตั้งห้องปฏิบัติการวิจัยสู่ความเป็นเลิศทางวิชาการ จำนวน 4 ห้อง เพื่อส่งเสริมและสนับสนุนการรวมกลุ่มของนักวิจัยในสังกัดคณะวิทยาศาสตร์ที่มีผลงานด้านวิชาการเป็นที่ประจักษ์และมีศักยภาพในการพัฒนาไปสู่กลุ่มวิจัยที่มีความเป็นเลิศทางวิชาการเฉพาะทาง เป็นที่ยอมรับในระดับภูมิภาคและ/หรือในระดับนานาชาติ
นอกจากนี้ ศูนย์นาโนเทคโนโลยีแห่งชาติ สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ กระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ได้สนับสนุนการจัดตั้งพัฒนาศูนย์เครือข่ายด้าน ศูนย์ความเป็นเลิศด้านวัสดุนาโนเฉพาะทาง มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ โดยสนับสนุนงบประมาณปีละ 5,000,000.-บาท เป็นระยะเวลา 5 ปี (ตั้งแต่ปี 2549 เป็นต้นไป) โดยมีคณะวิทยาศาสตร์เป็นหน่วยปฏิบัติงาน

งบประมาณที่ได้รับการสนับสนุน
ปีงบประมาณ 2549 คณะวิทยาศาสตร์ได้จัดสรรงบประมาณเงินรายได้เพื่อสนับสนุนการจัดตั้งห้องปฏิบัติการวิจัยสู่ความเป็นเลิศ จำนวนเงิน 400,000.-บาท และยังได้รับการจัดสรรจากงบประมาณแผ่นดินเพื่อสนับสนุนการจัดตั้งห้องปฏิบัติการวิจัย/หน่วยวิจัยและกลุ่มวิจัยสถาบัน จำนวนเงิน 509,700.-บาท ในส่วนของโครงการวิจัยนักวิจัยคณะวิทยาศาสตร์ได้รับทุนอุดหนุนการวิจัยจากแหล่งทุนทั้งภายในและภายนอกคณะ/มหาวิทยาลัย รวมทั้งสิ้น จำนวน 133 โครงการ เป็นเงิน 71,201,659.03 บาท ดังนี้ (ดูรายละเอียดในภาคผนวก)
1. คณะวิทยาศาสตร์ จำนวน 56 โครงการ เป็นเงิน7,022,700.-บาท แยกเป็น
งบประมาณแผ่นดิน จำนวน 11 โครงการ เป็นเงิน 5,252,700.-บาท
งบประมาณเงินรายได้ จำนวน 43 โครงการ เป็นเงิน 1,630,000.-บาท
เงินดอกผลกองทุนคณะวิทยาศาสตร์ จำนวน 1 โครงการ เป็นเงิน 40,000.-บาท
เงินดอกผล มูลนิธิ ปรีชา-วารุณี โกวิทยาฯ จำนวน 1 โครงการ เป็นเงิน 100,000.-บาท
2. สถาบันวิจัยและพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี จำนวน 3โครงการ เป็นเงิน 4,386,400.- บาท
3. มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ จำนวน 1 โครงการ เป็นเงิน 100,000.- บาท
4. สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ (สวทช) แยกเป็น
ศูนย์เทคโนโลยีโลหะและวัสดุแห่งชาติ จำนวน 3 โครงการ เป็นเงิน 7,837,533.33 บาท
ศูนย์นาโนเทคโนโลยีแห่งชาติ จำนวน 1 โครงการ เป็นเงิน 500,000.-บาท
ศูนย์พันธุวิศวกรรมและเทคโนโลยีแห่งชาติ จำนวน 1 โครงการ เป็นเงิน 627,000.-บาท
หน่วยเทคโนโลยีเฉพาะทาง จำนวน 3 หน่วย เป็นเงิน 3,000,000.-บาท
สวทช. ภาคเหนือ จำนวน 1 โครงการ เป็นเงิน 200,000.-บาท
5. สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย (สกว.) แยกเป็น
ทุนเมธีวิจัยอาวุโส จำนวน 2 โครงการ เป็นเงิน 4,000,000.- บาท
ทุนพัฒนาศักยภาพในการทำวิจัยของอาจารย์รุ่นกลาง จำนวน 5 โครงการ เป็นเงิน 2,000,000.-บาท
ทุนพัฒนาศักยภาพในการทำงานวิจัยของอาจารย์รุ่นใหม่จำนวน15โครงการเป็นเงิน 3,600,000.-บาท
ทุน IRPUS จำนวน 10 โครงการ เป็นเงิน 665,660.-บาท
ทุนฝ่ายอุตสาหกรรม จำนวน 3 โครงการ เป็นเงิน 2,744,720.-บาท
ทุนอื่น ๆ จำนวน 10 โครงการ เป็นเงิน 7,554,884.50 บาท
6. สำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ จำนวน 1 โครงการ เป็นเงิน 559,000.-บาท
7. มูลนิธิโทเรเพื่อการส่งเสริมวิทยาศาสตร์ประเทศไทย จำนวน 1โครงการ เป็นเงิน 160,000.- บาท
8. สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา จำนวน 1 โครงการ เป็นเงิน 937,000.-บาท
9. กรมชลประทาน จำนวน 1 โครงการ เป็นเงิน 7,773,443.-บาท
10. กรมทรัพยากรธรณี จำนวน 1 โครงการ เป็นเงิน 3,925,000.-บาท
11. กรมควบคุมมลพิษ จำนวน 1 โครงการ เป็นเงิน 615,010.0บาท
12. กรมพัฒนาพลังงานทดแทนและอนุรักษ์พลังงาน จำนวน 2 โครงการเป็นเงิน 4,255,936.20.-บาท
13. โครงการ BRN จำนวน 1 โครงการ เป็นเงิน 100,000.-บาท
14. งบบูรณาการจังหวัดเชียงใหม่ จำนวน 1 โครงการ เป็นเงิน 5,000,000.-บาท
15. งบจังหวัดเชียงใหม่ จำนวน 1 โครงการ เป็นเงิน 100,000.-บาท
16. โครงการหลวง จำนวน 6 โครงการ เป็นเงิน 855,070.- บาท
17. สำนักนโยบายและแผนทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม จำนวน 1 โครงการ เป็นเงิน 2,516,202.-บาท
18. Neys-van Hoogstraten Foundation, Netherland จำนวน 1 โครงการ เป็นเงิน 166,100.- บาท
นอกจากนี้ ในปี 2549 มีโครงการวิจัยที่ดำเนินการแล้วเสร็จ จำนวน 53 โครงการ (ดูรายละเอียดในภาคผนวก)

การเผยแพร่ผลงานวิจัย

ปีงบประมาณ 2549 คณะวิทยาศาสตร์ได้สนับสนุนให้นักวิจัยเผยแพร่ผลงานวิจัยและผลงานทางวิชาการทางสื่อต่างๆ เช่น เผยแพร่ในวารสารระดับนานาชาติ วารสารระดับประเทศ การประชุมวิชาการนานาชาติ การประชุมวิชาการระดับประเทศ ดังนี้
1. ผลงานที่ตีพิมพ์ในวารสารวิชาการระดับนานาชาติ จำนวน 120 เรื่อง
2. ผลงานที่ตีพิมพ์ใน Chiang Mai Journal of Science จำนวน 22 เรื่อง
3. ผลงานวิจัยผลงานทางวิชาการที่นำเสนอในที่ประชุมวิชาการนานาชาติ ณ ต่างประเทศ จำนวน 44 เรื่อง
4. ผลงานทางวิชาการที่นำเสนอในที่ประชุม วทท. ครั้งที่ 30 จำนวน 133 เรื่อง